医療法人・財団法人・社団法人から一般企業への転職は難しいと聞いたことがあるのですが？

正確には書類選考通過が難しいということでしょう。選考を行う一般企業が、財団法人等が特別な経理を行っていて一般企業の経理とは違うのではないだろうかと思っていることと、財団法人等に勤務していた経理の方は一般企業の社風には合わないのではないかと思っていることの二つが原因でしょう。応募書類では、決して財団法人等特有の言葉を使ってはいけません。一般企業が用いる言葉を使うように心掛け、一般企業と同じような財務諸表を作っていることが分かるようにしておくことも必要でしょう。